L'instrumentation nucléaire est utilisée et développée dans le domaine de la recherche en physique, biologie ou encore géologie.
Dans le tissu industriel, le secteur de l'énergie nucléaire est un important utilisateur de cette technologie tout au long du cycle, depuis la fabrication de combustible, la production dans les centrales, les procédés de retraitement et la gestion des déchets nucléaires ainsi que des matières recyclées.
On rencontre également une instrumentation nucléaire spécifique dans d'autres secteurs industriels pour du contrôle de procédés (radiographies de soudures, contrôle d'épaisseurs, contrôle d'humidité, par exemple), la caractérisation de matériaux (industrie du ciment), ou encore le domaine de la sécurité (détecteurs à rayons X et balises de détection de sources radioactives).
Enfin, la médecine nucléaire fait appel massivement à l'instrumentation nucléaire à des fins diagnostiques (scanner, radiographie, scintigraphie, TEP, etc.) ou thérapeutiques (radiothérapie, curiethérapie, ...).