En 563, saint Colomba d’Iona ou Columcille, exilé d'Irlande, a fondé un monastère sur l'île sous le double patronage de Conall mac Comgaill, roi de Dal Riada, et de Brude mac Maelchon, roi des Pictes. Sa communauté connut une belle évolution, comme en témoignent les croix savamment sculptées et les pierres tombales, mais fut décimée par les invasions nordiques au VIII et au IX siècles.
De là, partit la christianisation de l'Écosse. La communauté fut dirigée pendant une centaine d'années par des princes abbés issus comme le fondateur de la dynastie irlandaise du Cenél Conaill.
On croit aussi que le Livre de Kells a été rédigé sur l'île à cette époque. Le monastère est brûlé par les Vikings en 802 et en 806 lorsque 68 membres de la communauté sont massacrés. Un nouveau monastère mieux abrité des envahisseurs sera construit à Kells en 807. En 830, l'abbé Diarmait transportera les reliques de Saint Colomba en Irlande pour les protéger des Vikings. En 989 Dub dá Leithe, « successeur de Patrick » (i.e abbé d'Armagh), assume la succession de Colum Cille à la demande des hommes d'Irlande et d'Alba . La dignité d'abbé sera ensuite dévolue à des abbés irlandais souvent non résidents jusqu'à Gillechrist O'Maddor mort en 1062.
Le monastère sera reconstruit en 1203 pour les Bénédictins par Reginald Mac Donald, Maître de Mull et Seigneur des Îles et survivra jusqu'à la Réforme et la destruction des bâtiments en 1561 sur ordre du Parlement d'Écosse.
Iona était aussi devenue la nécropole des rois de Dal Riada et de leurs successeurs, les premiers rois d'Écosse qui y furent inhumés jusqu'à Donald Ban à la fin du XI siècle.
En 1938, George MacLeod y a fondé une communauté œcuménique chrétienne.
