Certains s'accordent aujourd'hui à en faire l'île des Phéaciens, à la place de Corcyre, actuelle Corfou. C'est sur ses rives qu'Ulysse aurait rencontré Nausicaa. Vers 770 av. J.-C., les colons grecs provenant des villes de Chalcis et Érétrie, dans l'île d'Eubée, s'installent sur l'île d'Ischia qu'ils appellent Pithécuse sans doute en référence à la présence de singes sur ses rochers, à moins que ce ne soit à cause de l'argile sombre propre à l'île, et y fondent une ville du même nom avant de fonder sous la pression démographique, la colonie de Cumes, dont les descendants fondèrent à leur tour la ville de Naples en 478 av. J.-C. C'est sans doute ici qu'est emprunté l'alphabet étrusque aux Grecs, et donc que naît l'ancêtre direct de l'alphabet latin.
À l'époque romaine, la colonie, sous le nom de Ænaria, devient un carrefour d'échanges commerciaux et un lieu de résidence pour les nobles et les patriciens, bien que les fréquentes éruptions et les tremblements de terre imposent de longues périodes d'inactivité.
Au Moyen Âge, l'île connaît les incursions régulières et dévastatrices des Barbares puis des Sarrasins. Jusqu'en 1300, Ischia est politiquement et économiquement indépendante du royaume de Naples, mais soumise à la Sicile aragonaise.
En 1707, le royaume de Naples passe aux Autrichiens et Ischia se voit ainsi imposer un gouverneur autrichien, le comte de Martiniz. En 1734, Ischia passe avec Naples sous la domination des Bourbons et est administrée par des gouverneurs du roi résidant au château Aragonais.
Au terme de la domination bourbonienne du royaume des Deux-Siciles, en 1862, l'île est définitivement rattachée à la province de Naples, devenue désormais une ville du royaume d'Italie. Le 28 juillet 1883, l'île connaît un terrible tremblement de terre qui détruit la ville de Casamicciola.
