Né au Portugal, à Peniche, en 1715, d’une famille crypto juive, baptisé sous le nom de Francisco-Antonio Rodriguez, il est le fils d'Abigaïl Rivka Rodriguès et d'Abraham Rodriguès Péreyra, commerçant, né à Chacim, au Portugal, une localité proche de Bragance, un des grands centres du crypto-judaïsme. En 1698, Abraham s'installe en Espagne. Ses filles (deux au moins) ainsi que deux fils : Jacob et son frère cadet David, viennent se fixer en France avec leur mère. La communauté juive de Bordeaux est à l’époque déjà suffisamment structurée pour attirer les Marranes qui veulent fuir le Portugal et faire un retour au Judaïsme. Jacob Rodrigue Péreire est circoncis à l’âge de vingt-six ans le 8 novembre 1741. Dès 1734, Péreire se documente sur les méthodes d’éducation des sourds-muets. C’est sans doute pendant sa période bordelaise (de 1741 à 1746) que Péreire apprend l’hébreu. Il quitte Bordeaux en 1746 pour suivre au Collège de Beaumont en Auge, près de Caen, le second élève sourd-muet dont on lui confie la rééducation, le jeune d’Etavigny. Il s’y installe en Juillet 1746, et y restera trois années, coupées par plusieurs séjours à Paris. C’est en avril 1749 qu’il se fixe définitivement à Paris avec son élève. Son domicile sert de pension pour le jeune d’Étavigny et pour les autres élèves sourds-muets qui lui seront confiés dans les années suivantes. Péreire habite ensuite la capitale de manière ininterrompue. Le 5 novembre 1766, il épouse à Bordeaux une jeune fille portugaise de trente ans plus jeune que lui. Ils eurent six enfants dont quatre moururent en bas âge. Il décède le 15 septembre 1780.