Julien Amegandjin consacre la première partie de ce parcours professionnel à l'enseignement supérieur, d'abord en France puis en Afrique.
- En France de 1968 à 1972 il est chargé d'enseignement tout à la fois, au CESD-Paris, à l'ENSAE et à l'Université Paris IX–Dauphine ; à partir de 1970, il assume en plus les fonctions de directeur-adjoint du CESD-Paris.
- au Cameroun, de 1973 à 1985, il est professeur à l'IFORD situé à Yaoundé ; en 1975, Julien Amegandjin devient directeur de cet institution dont les deux missions essentielles sont la formation de spécialistes de très haut niveau en sciences de la population et la réalisation de travaux de recherche sur les questions de population.
- en 1986, prenant un congé sabbatique il consacre la presque totalité de l'année à la rédaction d'un ouvrage sur la démographie mathématique (voir les notes ci-dessous).
A partir de fin 1986 et jusqu'en 2000, la carrière de Julien Amegandjin change de nature ; elle est tout entière tournée vers la conduite et l'évaluation d'enquêtes et de recensements de l'agriculture, dans le cadre d'activités soutenues par la FAO. Il travaille alors directement dans les pays (Cap-Vert, Guinée, Mauritanie, Niger et Sénégal) ainsi qu'à Rome (Italie), au siège de la FAO.
A partir de 2000, pour le compte des diverses institutions qui apportent leur concours au développement des statistiques en Afrique de l'Ouest, Julien Amegandjin effectue des consultations dans les domaines de la conception et la réalisation de recensements ou enquêtes statistiques, des méthode des sondages aléatoires, de l'analyse des faits économiques et sociaux, ainsi que du renforcement des capacités institutionnelles des systèmes statistiques nationaux.
Il a milité et milite toujours au sein des principales associations professionnelles internationales et régionales en faveur du développement de la statistique des pays africains
- Association des Statisticiens Économistes de l’ENSAE ou du CESD-Paris.
- Institut international de statistique.
- Union internationale pour l’étude scientifique de la population (UIESP).
- Association africaine de statistique.
- Union pour l’étude de la population africaine (UEPA)