En échographie, un kyste se présente sous la forme d'une cavité totalement anéchogène (ne renvoyant pas d'échos, et apparaissant donc en noir sur l'écran), de forme arrondie le plus souvent, entourée d'une paroi très fine, voire invisible. Une caractéristique spécifique est la visualisation d'un « renforcement postérieur des échos » : l'accumulation d'ultrasons en arrière du kyste (qui l'ont traversé sans être réfléchis) est responsable de la formation d'une large bande qui apparaîtra plus blanche que les tissus avoisinants. Cet aspect typique permet, lors de la découverte fortuite d'un kyste sur un rein par exemple, d'avoir une certitude diagnostique et d'affirmer le caractère bénin de cette anomalie.
Sur une tomodensitométrie (scanner), le kyste apparaîtra sous la forme d'une « boule » homogène, à paroi souvent invisible, dont la densité moyenne (exprimée en unités Hounsfield, HU) est celle d'un liquide, donc proche de 0 HU (entre 0 et 10 le plus souvent).
Sur une IRM, le kyste apparaît bien délimité, en hyposignal T1 et en fort hypersignal T2.