Il peut arriver que les chalazions deviennent chroniques. Ils peuvent être la conséquence d'une blépharite due à un manque d'hygiène oculaire. On peut conseiller un nettoyage quotidien de la paupière et des cils avec un gel nettoyant et un graissage de l'œil avec du liquide graissant.
Dans de très rares cas, il est possible que les chalazions chroniques masquent un carcinome.
Son origine est assez floue, et peu de médecins parviennent à identifier l'origine d'un chalazion.
On soupçonne parfois l'allergie, ou bien la pollution atmosphérique (en région parisienne en France par exemple) d'être à l'origine de l'irritation oculaire.
D'autres suspectent un acarien, le demodex folliculorum parasite des glandes sébacées et des follicules pileux d'en être à l'origine (un prélèvement de cil et une analyse peuvent en révéler la présence). La recherche s'intéresse aussi au lien entre demodex folliculorum et rosacée, qui semble aussi provoquer des dysfonctionnements oculaires.
Certains pensent aussi que c'est la sécheresse oculaire de l'œil qui provoque le chalazion.