C'est un petit organe accolé au testicule, résultant de l'hypertrophie de la partie antérieure du canal de Wolff. Il est donc dérivé de l'appareil urinaire primitif .
Il contient un long tube replié sur lui même en villosités, empli d'un « liquide (ou plasma) épididymaire ». S'il est étendu ce tube mesure environ 6 mètres chez l'Homme .
Il conserve et transporte les spermatozoïdes et assure la fin de maturation de ceux-ci
Il se poursuit par le canal déférent. La taille des microvillosités de l'épididyme est d'environ 20 nm.
La nature histologique, histochimique et cytologique des tissus montre qu'il n'est pas qu'un simple conduit, mais qu'il assure une fonction glandulaire complexe (c'est-à-dire jouant un rôle endocrine contrôlé par le système hormonal).
Il est composé de fins canaux enroulés prenant l'aspect d'une virgule et recouvrant la partie supérieure du testicule. Il recueille et emmagasine les spermatozoïdes venant des tubules séminifères.