En 1940, la Luftwaffe lance un programme de développement de planeurs lourds. D’une part, les succès rencontrés pendant les campagnes de Hollande et de Belgique plaidaient en faveur de l’utilisation de planeurs d’assaut et de parachutistes. La prise du Fort d'Ében-Émael suite à un assaut de planeurs légers DFS 230 constitue le principal fait d’arme des Fallschirmjägers pendant cette campagne. D’autre part, l’invasion de la Grande-Bretagne était à l’ordre du jour en 1940, et il était prévu d’utiliser les parachutistes à grande échelle. D’où l’idée de développer des planeurs lourds capables d’emporter véhicules et équipement lourd. L’annulation de l'opération Seelöwe (Lion de Mer), c'est-à-dire de l’invasion de l’Angleterre, n’entraîna pas l’annulation de ces programmes. Les planeurs seront utilisés massivement lors de l’invasion de la Crète en 1941, puis sur le front de l’Est à partir de Barbarossa.
Le 18 octobre 1940, la Luftwaffe donne aux firmes Junkers et Messerschmitt un délai de 14 jours pour proposer un projet de planeur lourd d’assaut. L’appareil devra être capable d’emporter un canon de 88 mm et son tracteur semi-chenillé, ou bien un char Panzer IV. Junkers propose l’aile volante Junkers Ju 322 Mammut mais les prototypes ne donnent pas satisfaction. Messerschmitt propose le Me 261, rebaptisé par la suite Me 263 puis Me 321. Ce dernier devait être remorqué par 3 Messerschmitt Bf 110 ou par un He 111 Zwilling bipoutre.
Au début de l’année 1941 émerge l’idée de motoriser le planeur Me 321. On envisage désormais d’utiliser ce type d’avion de transport non plus uniquement pour l’assaut (réservé aux planeurs) mais également pour le transport tactique. Pour ce dernier usage, une version motorisée serait bien plus commode.
Après une série d’essais sur un Me 321 équipé de 4 moteurs (prototype Me 323 V1), on décide d’équiper le nouvel avion de 6 moteurs Gnome et Rhône GR14N48/49 de 1141 ch (prototype Me 323 V2). Quelques autres modifications du planeur étaient nécessaires : renforcement de la structure des ailes, installations d’un espace entre le fuselage et le moteur intérieur pour les ingénieurs de vol chargés de veiller au bon fonctionnement des GR14N. Enfin, un système de train d’atterrissage dernier cri, très performant sur piste sommaire, fut installé. Le prix de ces aménagements, était une capacité d’emport de 10 à 12 tonnes inférieure au planeur Me 321. Le nouvel avion comptait 7 membres d’équipage.
Quelques Me 321 furent donc transformés en Me 323, mais la plupart de ces derniers furent fabriqués en tant que tel.
