Ce parasite attaquent plus particulièrement le poireau, mais aussi la ciboulette et à une échelle moindre l’oignon, l’ail et l’échalote. Les larves de N. gymnostoma minent les tiges et les bulbes d’Allium, qui deviennent mous et sensibles aux infections fongiques ou bactériennes. Fréquemment, des déformations sévères des feuilles et des tiges fendues sont observées. Les femelles font de nombreuses piqûres d’alimentation, sur les feuilles. Ces piqûres sont le premier signe que les mouches sont actives.
Les œufs sont pondus dans les tissus végétaux, habituellement à la base des feuilles. Les larves minent les feuilles, en descendant dans la tige, et finalement vers le bulbe, puis se transforment en nymphe à l’extrémité de leurs galeries. Pendant l’été, le ravageur estive sous forme de nymphe à l’intérieur des plantes. Une autre génération d’adultes émerge à la fin de l’été, début de l’automne. Au printemps, les dégâts sont observés après le premier vol des adultes. Sur les poireaux par exemple, qui sont habituellement petits à cette période de l’année, quelques larves peuvent tuer une plante, si bien qu’un champ infesté peut rapidement présenter un grand nombre de plantes manquantes. En automne, les plantes sont plus grandes et tolèrent des niveaux de populations plus élevées. Même si aucun chiffre n’est donné, les pertes causées par N. gymnostoma sont considérées d’importance économique.
Il est signalé en Serbie, que la présence d’environ 20 mineuses par plante peut mener à sa destruction. En outre, la présence de larves dans les jeunes plantes d’oignon et de poireau peut les rendre invendables. Les adultes peuvent voler, mais davantage d’études sont nécessaires sur les périodes et les distances de vol. Il n’y a pas de données sur le rôle éventuel de bulbes infestés dans la dissémination des insectes. Les Allium sont largement cultivés dans la région et dans de nombreux pays européens, N. gymnostoma est mentionné comme un ravageur émergeant et économiquement important.