Ce genre comprend les espèces suivantes :
Selon ITIS :
- Miniopterus australis Tomes, 1858 - minioptère australasien
- Miniopterus fraterculus Thomas & Schwann, 1906
- Miniopterus fuscus Bonhote, 1902
- Miniopterus inflatus Thomas, 1903
- Miniopterus magnater Sanborn, 1931
- Miniopterus minor Peters, 1867
- Miniopterus pusillus Dobson, 1876
- Miniopterus robustior Revilliod, 1914 - minioptère des Îles Loyautés ou minioptère robuste
- Miniopterus schreibersi (Kuhl, 1817) - minioptère de Schreibers
- Miniopterus tristis (Waterhouse, 1845)
Selon MSW :
- Miniopterus africanus
- Miniopterus australis
- Miniopterus fraterculus
- Miniopterus fuscus
- Miniopterus gleni
- Miniopterus inflatus
- Miniopterus macrocneme
- Miniopterus magnater
- Miniopterus majori
- Miniopterus manavi
- Miniopterus medius
- Miniopterus minor
- Miniopterus natalensis
- Miniopterus paululus
- Miniopterus pusillus
- Miniopterus robustior
- Miniopterus schreibersii
- Miniopterus shortridgei
- Miniopterus tristis