Le monastère fut fondé en 1083 par Grégoire Pakourianos et son frère Abas - des militaires byzantins d'origine arménienne. Son nom provient du mot bačko, frères. Grégoire Pakourianos était un chef de guerre byzantin à qui l’empereur byzantin accorda d’importants domaines fonciers dans les Balkans en remerciement de ses mérites militaires. Les deux frères firent construire le monastère sur leurs terres, grâce à de nombreuses donations. Ils le dédièrent à la Vierge Marie – c’est pourquoi il porte le nom de Sveta Bogorodica (Sainte Mère de Dieu) ou Uspenie Bogorodično (de l’Assomption de la Vierge). Le monastère servait à la formation de moines et d’enseignants. Le premier hôpital Ibérien y fut également créé. L’histoire du lieu fut très mouvementée. Jusqu’au XII siècle, conformément aux souhaits de son fondateur, le monastère accueillit essentiellement des moines Ibériens. Lorsqu’il passa sous le contrôle de l’État bulgare, il bénéficia de généreuses donations de la part des souverains bulgares, en particulier des tsars Ivan Asen II (1218 - 1241) et Ivan Alexandre (1331 - 1371). À l’époque du Deuxième royaume bulgare (XIV siècle), le monastère devint l’un des principaux centres intellectuels de Bulgarie et se fit en particulier connaître pour son école littéraire. C’est vraisemblablement à Bačkovo que mourut le dernier patriarche bulgare Euthyme de Tărnovo (1330-1404). Le monastère survécut à la première vague d’invasion ottomane, mais fut pillé et détruit à la fin du XIV siècle. Il fut refondé à la fin du XV siècle. Au début du XVII siècle commença une nouvelle vague de constructions : le réfectoire fut construit en 1601, et l'église Sveta Bogorodica fut achevée en 1604. Pendant les cinq siècles de domination ottomane, il contribua efficacement au maintien de la langue et de la culture bulgares, notamment en conservant de nombreux manuscrits.
