La famille des méphitidés (Mephitidae) qui regroupe les mouffettes a été créée par Charles Lucien Bonaparte (1803-1857) en 1845.
Cette famille était précédemment considérée comme une sous-famille (Mephitinae) classée parmi les mustélidés. Mais l'étude génétique a amené à une reclassification.
La mouffette est très souvent confondue avec le putois dans les bandes dessinées et les dessins animés (comme Fleur dans Bambi et Bambi 2 de Walt Disney Pictures, Pépé le putois chez Warner Bros., Stella dans Nos voisins, les hommes de DreamWorks, ou Fifi dans Les Tiny Toons), mais ces deux espèces sont membres de familles différentes : la mouffette (autrefois mustélidé, sous-famille des méphitinés) est rayée de noir et de blanc alors que le putois (sous-famille mustélinés) est brun.
Elle est également bien connue par son nom anglo-américain skunk, ce dernier étant largement promu par la bande dessinée et le cinéma américain. On peut aussi employer le terme français sconse.
Cette famille se compose de quatre genres de mouffettes :
- genre Conepatus Gray, 1837
- genre Mephitis É. Geoffroy Saint-Hilaire & F. G. Cuvier, 1795
- genre Spilogale Gray, 1865
- genre Mydaus F. G. Cuvier, 1821
Ses glandes anales sécrétant un liquide fortement nauséabond, la mouffette ne manquera pas d'asperger l'imprudent(e) qui s'approche un peu trop près d'elle. La mouffette n'étant pas un animal agressif de nature, ce mécanisme est avant tout une forme d'auto-défense. Le 3-Méthylbutane-1-thiol (C5H12S) se trouve dans le sac anal de la mouffette rayée. Les composés soufrés de ce type (thiols), dans lesquels un groupe – S – CH3 a remplacé un –S – H, contribuent également à l'odeur de l'urine des renards.