L'examen des muqueuses et des divers mucus est souvent important dans le diagnostic médical.
L'inflammation des muqueuses (buccale, digestive, respiratoire, urovaginale ou oculaire) est une mucite.
Les mucites buccales sont aussi appelées stomatites. Elles peuvent être un effet indésirable des chimiothérapies anticancéreuses et de la radiothérapie. Elles se manifestent par des douleurs, une dysphagie et une dysphonie, et dans les cas sévères surviennent des complications liées à la dénutrition, la déshydratation, des hémorragies ou encore des infections.
En cas de radiothérapie de la tête et du cou, l'irradiation provoque une mucite orale chez plus de 80% des patients, du fait que l'épithélium des muqueuses se renouvelle régulièrement. Elle apparait environ 1 à 2 semaines après le début du traitement et peut empêcher de boire ou de manger lorsqu'elle est sévère. Sa prévention repose sur les soins bucco-dentaires, l'hygiène bucco-dentaire renforcée et sur l'action de sucer des glaçons quelques heures en commençant quelques minutes avant le traitement.
Immunité : Les muqueuses ont un système immunitaire propre, assez peu sensibles aux vaccins classiques.
Y sont également sécrétés les IgA (anticorps sécrétoires) qui agglutinent et inactivent les pathogènes, les empêchant par la taille des agglomérats de passer à travers les muqueuses. Des chercheurs japonais ont récemment réussi à immuniser des souris contre des pathogènes dangereux (Clostridium botulinum et Clostridium tetani, induisant le botulisme et le tétanos) par un vaccin déposé dans un hydrogel persistant une dizaine d'heures sur les muqueuses nasales de souris. Ces dernières ont ensuite développé des réactions immunitaires (muqueuses et systémiques) très fortes contre ces deux microbes, sans que le nanogel ait semblé significativement affecter les souris .