Jam Software a été fondé par Andy Gavin et Jason Rubin, alors qu'ils avaient 16 ans. Leur deux premiers jeux, Ski Crazed (1987) et Dream Zone (1988) ont été édité par Baudeville. Electronic Arts produit leur troisième jeu, Keef the Theif (1989), un action-RPG, et leur dernier jeu sur micro-ordinateur. Pendant le développement du jeu, la société est rebaptisée Naughty Dog. Electronic Arts produit également leur jeu suivant, Rings of Power (1991), l'un des trois premiers jeux de l'éditeur à voir le jour sur Megadrive. Rapidement tombé en rupture de stock, ce jeu de rôle de qualité ne fut jamais réédité et acquiera un statut de jeu culte. Après un période de latence durant lequel Andy Gavin et Jason Rubin termine leur cursus universitaire, Naughty Dog se reforme à Boston pour travailler sur un projet auto-financé et, de leur aveu, « bon marché ». Way of the Warrior, jeu de combat sanguinolent assez pauvre d'intérêt, est édité en 1994 par Universal Interactive sur 3DO, à une période où la machine faisait encore illusion.
Après un deal de trois jeux passé avec Universal, Naughty Dog s'installe en Californie et prend une nouvelle dimension en recrutant du personnel qualifié. Pendant deux années, le studio développe un premier jeu en 3D. Mark Cerny, alors président d'Universal Interactive Studios, apporte une contribution à l'élaboration du projet et il demeurera par la suite un proche collaborateur du studio. Crash Bandicoot, jeu de plate-forme rafraichissant, voit le jour en 1996 sur PlayStation. Il connaît un succès critique et commercial, avec plus de six millions d'exemplaires vendus. Il connaîtra deux suites directes et un épisode dérivé. La série eut les honneurs d'être distribuée au Japon où elle connu un succès sans précédent pour un jeu d'origine occidental. Les ventes de Crash Bandiccot sous l'ère Naughty Dog s'élèverait à plus de 25 millions d'exemplaires. C'est la franchise la plus populaire sur PlayStation après Gran Turismo et Final Fantasy. Sony Computer Entertainment a finalement édité toute la série, Universal restant propriétaire des droits de la franchise.
En janvier 2001, Sony Computer Entertainment acquiert Naughty Dog. Le studio s'attèle à un nouvelle série de jeu de plate-forme/action, Jak and Daxter, qui connaît un important succès. En 2004, Jason Rubin quitte Naughty Dog.
