Un fonds de capitalisation, dénommé Fonds AFRISTAT, a été créé, entre les états membres et des bailleurs avec pour objectif social de contribuer au financement de ses activités grâce aux produits financiers des placements de son capital. Ce dernier est ouvert aux états membres, aux nouveaux états africains qui adhèrent à l'institution et aux souscripteurs qui désirent apporter leur concours au développement des activités d’AFRISTAT. La gestion du Fonds est assurée par l’Agence française de développement (AFD).
Le capital initial pour la période 1998-2005 était de 3,35 milliards de FCFA : 1,85 milliards souscrits par les états membres fondateurs et 1,50 milliards par la France ; la contribution par état équivalait à 1 321 450 francs français. Le second capital, en cours de constitution, se monte à 9,18 milliards de francs CFA, dont 6,56 milliards à la charge des états membres et 2,62 milliards promis par la France. Il couvrira pour la période 2006-2015 les dépenses courantes (salaires du personnel, missions d’appui des experts dans les états, réunions des groupes d’experts, réunions statutaires, etc.).
L'ensemble des ressources se composent :
- des versements du Fonds ;
- des versements effectués par des fondations nationales ou internationales ;
- des cotisations des états membres, lorsque le Conseil des ministres le décide ;
- de la vente de ses produits ;
- des dons et prêts effectués par les organisations internationales ou par des états dans le cadre d'accords de coopération :
- du produit des contrats passés avec les états membres, des états tiers ou des organisations internationales ;
- des emprunts contractés en vue de l'exécution de dépenses d'investissements, à l'exclusion de toute autre dépense.
