Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Opisthokonta (Opisthocontes), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Opisthokonta ├─o Holomycota │ │ │ ├─o Fungi ou Mycota ► │ │ │ └─o Nuclearia └─o Holozoa ├─o Mesomycetozoa s.s. │ ├─o Corallochytrida │ └─o Ichthyosporea │ ├─? Aphelidea │ ├─o Dermocystida ou Rhinosporidiaceae │ └─o Ichthyophonida │ ├─o │ │ ├─o Sphaeroforma │ │ └─o Anurofeca │ └─o │ ├─o Ichthyophonus │ └─o │ ├─o Amoebidiaceae │ └─o Eccrinales └─o Filozoa ├─o Filasterea │ ├─o Capsasporidae │ └─o Ministeriidae └─o Choanobionta ├─o Choanomonada ou Choanoflagellata │ ├─o Acanthoecidae │ └─o Craspedida │ ├─o Codonosigidae ou Monosigidae │ └─o Salpingoecidae │ └─o Metazoa ►
 Boletus badius (Basidiomycota, Boletales) |  Schéma de Codonosiga botrytis (Choanoflagellata) |  Chrysaora sp. (Cnidaria, Scyphozoa) |  Homo sapiens (Chordata, Mammalia, Primates) |
La monophylie du groupe n'est plus aujourd'hui remise en question. Mais la question de son groupe-frère n'est pas tranchée : les seuls Amoebozoa (pour former ensemble les Unikonta, groupe-frère à son tour des Bikonta), ou bien l'ensemble des Anterokonta (regroupant Amoebozoa et Bikonta) ?
À la base de l'arbre des Opisthocontes, le grade des Mesomycetozoa (lato sensu), ou Choanozoa, est paraphylétique. Il regroupe des organismes que les phylogénies moléculaires ont révélé être proches parents, et qui auparavant étaient dispersés dans la classification des Protistes ou des Champignons, . Les Choanoflagellés en ont été détachés, comme étant plus proches des Animaux, puis les Nucleariida, plus proches des Champignons.
Ce comité a proposé une nouvelle classification, remplaçant celle des anciens Protistes et tenant compte des phylogénies moléculaires récentes. Elle regroupe les Eucaryotes en six groupes réputés monophylétiques. Voici ce qui concerne les Opisthocontes.