Introduction
Le terme pathogène (du grec παθογ?νεια ! « naissance de la douleur ») signifie : qui entraîne une maladie. Les germes pathogènes ou les bactéries pathogènes sont responsables de maladies.
Le pouvoir pathogène d'une bactérie est donc sa capacité à provoquer des troubles chez un hôte. Il dépend de son pouvoir invasif (capacité à se répandre dans les tissus et à y établir un/des foyers infectieux), et de son pouvoir toxicogène (capacité à produire des toxines). Il existe aussi de nombreux virus pathogènes.
On distingue deux catégories de bactéries pathogènes :
- Strictes ou spécifiques : Ces bactéries provoquent des troubles quel que soit le patient, sauf dans le cas des porteurs sains. Par exemple : Salmonella typhi et Vibrio cholerae.
- Opportunistes : Ces bactéries provoquent des troubles lorsque les défenses immunitaires de l'hôte sont affaiblies (on parle aussi de sujets immunodéprimés). Par exemple : Pseudomonas aeruginosa.
Dans les hôpitaux, les infections causées par des bactéries opportunistes sont appelées infections nosocomiales.

Pseudomonas aeruginosa vue au microscope électronique à balayage, est une bactérie pathogène et fréquemment rencontrée dans les infections nosocomiales.