L'étymologie du mot « pingouin » est elle-même confuse et incertaine.
Selon certaines sources comme celle de Martin Martin, le terme dériverait du gallois pen gwyn ou du breton penn gwenn signifiant « la tête blanche ». Bien que la tête du grand Pingouin n’ait pas été blanche, il avait une tache blanche devant l’œil. Une théorie alternative, suggérée par John Latham en 1785, propose que pinguis signifiant graisse en latin, soit l’origine du terme, soulignant l’aspect dodu de l’animal. Toujours dans l’hypothèse d’une origine latine de ce mot on peut signaler que le latin pinguis signifie aussi : « qui rend gras », et par suite fertile, fertilisant, puis riche ; et par extension de sens lent, lourd, stupide, malhabile qui caractérise celui qui est (trop) gras. Ce mot pourrait donc être, mieux que dodu, à l’origine du nom de cet oiseau pataud à la démarche pesante et embarrassée. D’autres sources enfin, prétendent que ce mot a été introduit en français par les livres de voyages hollandais.
Selon le Dictionnaire historique de la langue française de Robert, le mot pingouin est emprunté au néerlandais pinguin (en 1598), lui-même d'origine obscure, bien qu'on l'ait rapproché du latin pinguis. Le dictionnaire étymologique de l'afrikaans, Etimologiewoordenboek van Afrikaans, prétend que le mot est emprunté au portugais.