L'assemblage génomique consiste à prendre un grand nombre de séquences d'ADN, qui ont été obtenues par la méthode Whole Genome Shotgun , pour les remettre ensemble et recréer le chromosome original. Dans la méthode Whole Genome Shotgun , l'ADN d'un seul organisme est fragmenté en millions de morceaux. Ceux-ci sont lus par des séquenceurs d'ADN automatiques ( qui peuvent déterminer 900 bases par minutes). Les quatre bases sont adénine, guanine, cytosine, et thymine, abrégées AGCT. Un logiciel d'algorithme d'assemblage génomique analyse chaque fragment et les aligne tous les uns derrières les autres, en détectant les zones de chevauchement entre les fragments. Si deux séquences se correspondent elles sont considérées comme étant identiques ce qui relie les fragments.
L'assemblage génomique peut être problématique pour les informaticiens, car les génomes contiennent des séquences qui se répètent, et ces répétitions peuvent être longues de plusieurs milliers de nucléotides ( ou bases) et sur plusieurs endroit du génome. C'est surtout le cas pour les grands génomes des plantes et des animaux.
