À partir du début du XXe siècle, Arabidopsis thaliana a commencé à être utilisée à des fins de recherches et les première collection de mutants furent produite à partir de 1948. Cependant Arabidopsis thaliana n’a été désignée comme organisme modèle qu'en 1998 . A l’heure actuelle A. thaliana est un organisme de référence aussi bien pour la recherche végétale, l’évolution, la génétique et de recherche fondamentale .
Sa petite taille, son cycle de vie rapide de 6 semaines (de graines à graines), sa résistance et sa capacité à s’autoféconder sont des atouts pour son utilisation en recherche, notamment dans le domaine de la génétique.
Le génome d’Arabidopsis thaliana, relativement petit (157 millions de paires de base réparti sur 5 chromosomes) montre que cette valeur a été sous-estimée et qu'elle serait en réalité de 0.16 picogramme par noyau cellulaire, soit environ 157 millions de paires de bases, a été le premier génome de plante à être totalement séquencé en 2000 . Le projet The 1001 Genomes Project, a été lancé en 2008 et va permettre à son terme le séquençage du génome de 1001 de lignées d’Arabidopsis thaliana isolées à travers le monde afin d’en décrypter la variabilité génétique.
Arabidopsis thaliana a la possibilité d’être transformée en routine à l'aide d'Agrobacterium tumefaciens, permettant le transfert d’ADN (ADN-T) dans le génome de la plante qui en s’intégrant aléatoirement vont permettre l’inactivation de gènes et la création de mutations à des fins de recherches. Cette technique de transformation a permis de générer plusieurs collections de mutants d’insertions aléatoires, contenant plus de 300000 lignées transgéniques indépendantes.
L’ensemble des ressources concernant Arabidopsis thaliana (séquences, lignées, graines, expression des gènes, etc.), sont compilées par The Arabidopsis Information Resource et l'European Arabidopsis Stock Centre. En laboratoire Arabidopsis thaliana peut être cultivé en Boîte de Petri ou en pot.
