Les derniers travaux, notamment ceux effectués par Ren Hirayama en 1998 sur la famille des Protostegidae, conduisent à un genre monospécifique, formé actuellement de la seule espèce Protostega gigas. On connaît toutefois un certain nombre d'espèces portant le nom de genre de Protostega : il s'agit pour la plupart d'espèces actuellement attribuées à des genres différents, ou bien de synonymes d'espèces existantes, notamment de Protostega gigas :
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Protostega advena : intégrée dans le genre Chelosphargis ; voir Chelosphargis advena.
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"Protostega" anglica dont le statut est douteux.
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Protostega copei , a été placée dans un genre spécialement créé pour elle, et rebaptisée Microstega copei par Ren Hirayama.
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Protostega dixie : synonyme plus récent de Protostega gigas.
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"Protostega" eaglefordensis , est une espèce qui pose problème : les travaux récents d'Hirayama établissent la validité de l'espèce, en précisant qu'elle ne fait pas partie du genre Protostega, mais sans pouvoir l'attribuer à un genre existant. Le nom de cette espèce est donc vraisemblablement amené à changer prochainement.
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Protostega potens : synonyme plus récent de Protostega gigas.
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Protostega tuberosa : intégrée dans le genre Neptunochelys ; voir Neptunochelys tuberosa.
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Archelon ischyros , et son synonyme plus récent, Archelon marshi , sont parfois désignées sous les noms de "Protostega ischyros" et "Protostega marshi"