Sous un vieux manoir, est caché le Hive, laboratoire secret d'une grande compagnie de recherche biologique : Umbrella Corporation. Dans le Hive («la Ruche» en anglais ), les scientifiques de la compagnie Umbrella expérimentaient des armes biologiques, jusqu'au jour où une fiole contenant le virus T, renversée volontairement, contamina tous les employés du Hive, puis bientôt la majeure partie des habitants de Raccoon city, les transformant en zombies aux fonctions motrices primaires et soumis à leurs besoins primaires (Nourriture...). Alice, une employée du service de sécurité de la compagnie, qui avait tenté de la trahir, fut capturée, puis emmenée dans un hôpital de Raccoon City, juste après avoir vu le dernier survivant du manoir, Matt, enlevé sous ses yeux.
Se réveillant après un laps de temps inconnu, elle s'échappe de ce lieu a priori désert pour découvrir l'horreur : la ville entière est en proie au même mal qui a rongé le Hive. Les habitants se zombifient les uns après les autres, des créatures infâmes rôdent dans le centre ville à la recherche de victimes potentielles. Déjà, les autorités, poussées par Umbrella, décident de fermer les ponts permettant de sortir de Raccoon city, piégeant ainsi le reste de la population.
Pour Alice, il est temps de savoir ce qui se passe. Alice rencontrera d'autres survivants, ainsi que des membres d'une unité d'élite, appelée STARS. Leur but sera de s'échapper car la contamination avance à grand pas, et il ne restera bientôt plus de survivants. Malheureusement, Umbrella a ordonné le bouclage de Racoon, afin d'éviter que le virus ne s'échappe de la ville. La seule solution qui restera pour Alice et ses coéquipiers, est de retrouver la fille d'un membre important de Umbrella, disparue alors qu'elle devait être extraite et mise en sécurité dès la connaissance de la contamination du Hive. En échange de cette recherche, ce membre important leur permettra de s'enfuir de Racoon, Umbrella a en effet l'intention d'exterminer l'ensemble de la population (aussi bien zombies que humains restant)de Raccoon City à l'aide d'un missile nucléaire pour arrêter le virus et détruire les preuves.
Alice sera aidée par Jill Valentine, membre des STARS, et par un groupe de commando comprenant Carlos Oliveira, envoyé en mission suicide par Umbrella, et quelques autres individus. La tâche sera rude, surtout que la compagnie responsable de ce carnage ne compte pas en rester là. Elle a envoyé à son dernier soldat génétiquement modifié, le Némésis, une immonde créature immense (qui se révèlera être Matt, le dernier survivant du Hive précédemment mentionné), du matériel, dont une gatling et un lance-roquette. Le Nemesis sera ensuite reprogrammé pour avoir comme objectif premier de tuer l'ensemble des commandos STARS, seul obstacle entre la Umbrella et l'accomplissement de leur expérience "à grande échelle".
