Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Syndermata (Rotifera s.l., Rotifères lato sensu, ou Syndermates), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa). Les points qui font l'objet de débats au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés avant la bibliographie.
À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.
Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.
▲ └─o Syndermata ou Rotifera s.l. ├─o Monogononta │ ├─o │ │ ├─o Collothecacea │ │ └─o Flosculariacea │ └─o Ploimida └─o Lemniscea ├─o Bdelloidea └─o Pararotatoria ├─o Seisonidea └─o Acanthocephala ├─o Archiacanthocephala ├─o Eoacanthocephala └─o Palaeacanthocephala
 Habrotrocha rosa |  Brachionus calyciflorus |  divers Rotifères |  Corynosoma wegeneri (Palaeacanthocephala) |
Si la racine de l'arbre n'est pas conforme à l'hypothèse ci-dessus, mais se trouve plus classiquement entre les Acanthocéphales et les Seisonidés, le cladogramme résultant pose les Acanthocéphales et les Rotifères en groupes-frères :
└─o Syndermata ├─o Rotifera │ ├─o Seisonidea │ └─o │ ├─o Bdelloidea │ └─o Monogononta └─o Acanthocephala