La région est habitée depuis au moins 2500 ans, mais l'histoire des habitants n'est connue avec précision qu'à partir de leurs premiers contacts avec les Européens. On sait qu'ils interagissaient avec les populations papoues de la côte et qu'ils étaient souvent en conflit avec les populations Kiwai originaires du fleuve Fly. En 1871, l'arrivée des missionnaires de la London Missionary Society eut d'importantes conséquences, les habitants de l'île se convertirent au christianisme et détruisirent la pierre sacrée qui était censée les protéger de leurs ennemis. Comme le reste des îles du détroit de Torres, Saibai fut annexée par le Queensland en 1879, l'île rentrant ainsi dans le giron australien qu'elle ne quittera plus. L'île fut touchée par la vague mystique dite du culte du cargo qui toucha la Mélanésie au début du XX siècle, un culte propre à l'île connu sous le nom de German Wislin émergea et fut pratiqué entre 1913 et 1914. En attendant l'arrivée des markai, les esprits, la population devait s'abstenir de travailler, les esprits étaient censés venir sur Saibai, chasser les blancs et restituer aux indigènes leurs biens volés. L'événement ne survenant pas le culte s'éteignit de lui même. De graves inondations survenues en 1946 conduisirent une partie de la population de l'île sous la conduite d'un nommé Bamaga Ginau à s'installer sur le continent australien, dans la péninsule du cap York. Ils baptisèrent leur communauté « Bamaga » du nom de celui qui avait dirigé la migration. Cette communauté forte de 774 personnes existe toujours et conserve des liens étroit avec la population restée sur l'île.
