La maladie se manifeste essentiellement par l'apparition de nombreuses tumeurs bénignes. L'atteinte cutanée et neurologique est quasi constante. Celle des reins ou de la rétine est fréquente.
Manifestations neurologiques
L'épilepsie précoce (Syndrome de West) est la principale manifestation de la maladie, atteignant près de 80% des patients. Elle peut être de tout type (focale, généralisée...) et se caractérise par une grande résistance aux traitements.
Il peut exister des troubles du comportement et du caractère (retard mental, schizophrénie...), une hypertension intracrânienne par obstruction des voies par prolifération de cellules géantes épendymaires se voit dans 10% des cas, des anévrismes cérébraux.
Ces anomalies sont en rapport avec une atteinte du cortex cérébral correspondant à une désorganisation de la structure en couches, avec prolifération de cellules géantes. Une dégénérescence kystique est possible.
Manifestations cardiaques
Les rhabdomyomes cardiaques consistent en des tumeurs d'origine musculaire. Ils sont très fréquents (près de 60% des enfants atteints de sclérose tubéreuse), parfois multiples. Ils sont le plus souvent asymptomatiques et sont découverts lors d'une échocardiographie systématique. Ils sont parfois responsables de troubles du rythme cardiaque. Ils peuvent apparaître dès le stade foetal. L'évolution en est favorable avec une régression spontanée, voire une disparition totale avec l'âge.