Le risque de contamination peut être réduit en gardant une large rotation de cultures, en enfouissant profondément les restes végétaux et en ne laissant aucune chance de développement aux repousses et aux adventices. Un semis peu profond diminue également le risque d'infection. Les régulateurs de croissance doivent être utilisés de sorte que le raccourcissement des tiges soit minime. Il augmente en effet le risque d'attaque. La fumure azotée doit de préférence être fractionnée. L'important est que les deux feuilles supérieures soient préservées de l'infection.
En raison d'une phase d'incubation relativement longue (15 à 21 jours), il est très difficile de lutter en préventif strict contre ces agents pathogènes, à moins de faire appel aux outils de diagnostics, tels que les tests sérologiques ou moléculaires. Le diagnostic visuel est très difficile au stade 8-9, et au-delà de ce stade des confusions sont possibles avec d'autres maladies.
À l'heure actuelle, la lutte chimique est le seul moyen permettant de lutter efficacement contre cette maladie, car elle seule semble permettre de stopper l'extension des épidémies. Les deux septorioses ont une sensibilité différente aux fongicides. Un traitement dès la montaison permet de limiter les attaques foliaires et de retarder les risques avant le traitement d'épiaison. En raison de la durée d'incubation très longue du champignon et des cycles d'infection successifs qui se superposent au cours d'une campagne, la stratégie fongicide visera à enrayer la poursuite d'une épidémie (effet curatif) tout en empêchant la contamination des nouveaux étages foliaires (effet préventif). Dans le cadre de lutte fongicide, cela consiste à pratiquer un suivi des populations pathogènes, en fonction de leur sensibilité et de leur résistance à un fongicide donné
Seuil d'intervention : 15% de symptômes sur la 3 Feuille (F3). Dans des itinéraires de protection intégrée, le passage de fongicide est reculé jusqu'au stade "Dernière feuille étalée" ce qui permet de protéger les deux dernières feuilles, essentielles pour le rendement. Dans ce cas, on utilise souvent une Triazole à 1/2 ou 1/3 de dose en fonction de la pression maladie et de la météo à venir.
Par ailleurs, la protection fongicide est un poste d'investissement important, il mérite donc d'être raisonné. Outre la connaissance des produits proposés sur le marché, et le temps passé à l'observation des parcelles, la protection fongicide nécessite la prise en compte de plusieurs paramètres : la région, la variété, les conditions agronomiques de la parcelle et le climat de l'année. Les fongicides doivent impérativement être bien positionnés, afin de bénéficier de la meilleure persistance d'action.
Dans la définition d'une stratégie fongicide, la prise en compte de la sensibilité de chaque variété est nécessaire. L'apparition sur le marché de variétés moins sensibles, voire tolérantes permet une plus grande souplesse dans les programmes de protection, sans toutefois supprimer leur nécessité.
L'utilisation de modèles de simulation de développement de la maladie permet d'évaluer le risque de développement de la septoriose.