Il est lancé depuis la Terre le 2 décembre 1995 depuis la base de Cap Canaveral, en Floride, par une fusée de type Atlas II.
Grave problème
SoHO a subi en 1998 un grave problème, il est parti en rotation sur lui-même (spin) dans des circonstances douteuses le 24 juin 1998.
Sachant que dans l'espace, la température ambiante est de -150 °C lorsqu'on est à l'ombre du Soleil, et de +200°C quand on y est exposé, les moyens de régulation thermique d'un satellite sont toujours très précis et ce genre de mouvement désordonné provoque soit une surchauffe soit une baisse de température très importantes selon la partie exposée du satellite.
Ce n'est qu'un mois après avoir perdu le contact que les agences américaine et européenne remettent le doigt sur SoHO. Le 23 juillet, une première localisation du satellite est faite grâce au radiotélescope d'Arecibo à Puerto Rico, servant d'émetteur et une antenne de 70 mètres de diamètre de la NASA comme récepteur radar.
Le 3 août, première réponse de SoHO. Une première télémétrie est reçue le 8 du même mois, donnant une première estimation de l'état des instruments à bord et des moyens de propulsion. Les réservoirs d'hydrazine servant à la propulsion chimique du satellite sont extrêmement refroidis, et l'hydrazine est gelée. Il a donc fallu la dégeler tant bien que mal pour pouvoir, le 16 septembre, amorcer une phase de stabilisation du satellite toujours en mouvement de spin.
Ce n'est que le 16 octobre que la NASA annonçait une remise en route normale du projet, les instruments n'ayant pas trop souffert.
Fin de la mission
La date de fin de mission de SoHO est prévue pour 2009. Après cette date, seuls les instruments VIRGO, GOLF et LASCO resteront opérationels. L'instrument MDI sera arrêté pour laisser le HMI du Solar Dynamics Observatory fonctionner.