On obtient une « photographie » des impacts des ions, et à partir de la position des impacts, on en déduit la trajectoire de l'ion donc son point de départ.
La première utilisation à consisté à faire s'adsorber (fixer) des atomes d'argon sur la surface. C'était ces atomes qui étaient ionisés et arrachés. On a pu donc savoir à quel endroit de la surface les ions étaient adsorbés, et donc avoir accès à la structure de la surface, ou bien confirmer le modèle d'adsorption.
En faisant s'arracher les atomes du cristal eux-mêmes, on peut recomposer la structure du cristal, et si un joint de grain ou une dislocation se trouve dans la pointe, on peut recomposer la structure du défaut. La préparation d'une pointe nanométrique contenant un joint ou une dislocation est très aléatoire, et nécessite beaucoup de soin. On contrôle la position du défaut en cours d'élaboration par microscopie électronique en transmission (MET)
Un progrès important est intervenu en mesurant le temps de vol des ions, car cela permet de plus l'analyse chimique des ions (spectromètrie de masse) — on parle alors de sonde atomique tomographique (tomographic atom probe, TAP). Il est maintenant possible de savoir quel type d'atome est présent à tel endroit du cristal, ce qui permet de voir par exemple la ségrégation d'atomes étrangers aux joints de grain ainsi qu'autour d'une dislocation (atmosphère de Cottrell). Du fait que de nombreux ions sont « perdus » en route, on n'a une résolution spatiale limitée et les résultats sont « statistiques », il faut donc que les atomes étrangers soient en proportion « notable », et on ne peut pas voir par exemple les lacunes (atome manquant dans le cristal).
Cette technique permet de composer une image à trois dimensions du cristal et de ses défauts par ordinateur, mais c'est une image de synthèse, pas une image enregistrée.