À ses débuts, les jeunes du patronage Saint-Joseph jouent sur le plateau du terrain de manœuvres de la ville. Puis le 5 novembre 1905, pour la première rencontre « officielle » contre les Rupins de Bourgogne de Migennes, l'AJA joue sur un terrain de la route de Vaux. L'abbé Deschamps obtient cette même année la location du terrain des « Ocreries » près du pont de la Tournelle. En 1912, l'abbé Deschamps doit abandonner le terrain et achète alors une dizaine de parcelles situées dans la plaine de Preuilly, le long de l'Yonne. C'est le 13 octobre 1918 qu'est inauguré le Stade de la Route de Vaux sur l'un de ces terrains. En 1930, l'AJA érige une tribune de 150 places grâce à une subvention du Conseil général de l'Yonne. Cette tribune recevra la bénédiction de l'évêque d'Auxerre, Mgr Chesnelong.
En 1949, après la mort de l'abbé Deschamps, l'enceinte est rebaptisée au nom du président-fondateur et devient donc le Stade de l'Abbé-Deschamps. Dans les années 1950, le terrain est ceinturé par une piste d'athlétisme. Guy Roux la fait supprimer pour que le terrain puisse être agrandi et être aux normes. La section athlétisme de l'AJ Auxerre n'ayant plus de piste, elle fusionne avec le Stade Auxerrois. Les tribunes restent modestes jusqu'au début des années 1980. Le club engage des travaux pour ériger des tribunes derrière les buts. Nouveau lifting en 1984 avec la réfection de la grande tribune latérale. En 1994, les tribunes Vaux et Leclerc (derrière les buts) sont remplacées par des constructions modernes.
Lors de l'intersaison 2010, le stade subit un petit lifting notamment dans le but de respecter les nouvelles normes de l'UEFA pour accueillir des matchs de Ligue des champions. Parmi les modifications, on peut noter le remplacement de la pelouse avec la pose d'un système de chauffage, l'agrandissement de la tribune de presse, l'élargissement du vestiaire arbitres ou encore le changement des bancs de touches . Les tribunes Vaux et Tennis changent de noms suite à l'arrivée de nouveaux sponsors et sont renommées respectivement tribune Groupama et tribune Société Générale
