Un tremblement de terre, en 1580, fendit la tour en deux, menaçant un moment de s'écrouler totalement. Elle fut relevée vers 1606, et se vit adjoindre à l'est une construction devant servir de hall aux marchands de Calais.
Lorsque Louis XIV tomba gravement malade à Calais en 1658, un jeune garçon d'écurie imprudent mit le feu dans la halle qui servait provisoirement d'écuries royales, du fait de la présence à Calais du Roi. Le bâtiment et la charpente de la tour subirent d'importants dégâts causés par l'incendie. Il fallut attendre pas moins de trente années avant que les dégâts ne fussent enfin réparés.
La tour du Guet, comme l'indique son nom, abritait autrefois des guetteurs. En temps de paix ils guidaient les pompiers en leur indiquant la direction du feu. Et en temps de guerre, ils surveillaient le mouvement des troupes ennemies.
La nuit, les guetteurs répétaient l'heure et la demie, suivie immédiatement d'un coup de corne, confirmant de cette façon la tranquillité de la ville. Les guetteurs devaient avertir de l’ouverture des portes de la ville par cinq coups de cloche. Le moindre défaut de la part des guetteurs pouvait leur valoir la prison. En 1770, une cloche identique à l'originale de 1348 fut fondue. Elle permit, comme la précédente, de faire sonner le tocsin. Ce service de guetteurs fonctionna jusqu'en 1905. En 1926, le dernier gardien de la tour fut obligé de la quitter.
Abraham Chappe, (un des frères d'Ignace Chappe) installa en 1816, au sommet qui culmine à 39 mètres, un relais de son télégraphe optique. Un côté était dirigé vers Saint-Omer et l'autre vers Boulogne-sur-Mer. Ce poste télégraphique de transmission des nouvelles, qui fut en fonctionnement durant 32 ans, annonça la mort de Napoléon Ier en 1821.
En 1818, la tour du Guet fut aménagée en phare à feu tournant, fonctionnant à l'huile. Pendant la journée, un drapeau de couleur éclatante, hissé à son sommet, indiquait les moments où la marée rendait praticable le Port de Calais aux navires qui désiraient y pénétrer. Cette lanterne rendit bien des services aux navires et surtout au Port de Calais, jusqu'à son remplacement définitif par l'actuel Phare de Calais, le 15 octobre 1848.