Le 23 mars 2009, au terme d'un procès tenu devant un tribunal de Palerme, où tous les accusés sont jugés par contumace, le pilote et le copilote sont condamnés à dix ans de prison ; le directeur général de Tuninter, Moncef Zouari, et le directeur technique Zouhair Chétouane sont condamnés à neuf ans de prison, deux responsables de la manutention et un mécanicien à huit ans de prison. Il a notamment été reproché à l'équipage de ne pas avoir tenté de rejoindre Palerme. Accueilli avec satisfaction par les familles des victimes et les rescapés, ce verdict provoque des réactions indignées en Tunisie. La Fédération internationale des associations de pilotes de ligne déplore également les sentences prononcées le 7 avril.
Ce procès constitue une première dans l'histoire de l'aviation car il conduit à une condamnation des dirigeants d'une compagnie à de la prison ferme. Dans le même temps, le constructeur franco-italien de l'appareil est acquitté, malgré le fait que des pièces calibrées pour un type d'appareil pouvaient être montées sur un autre, ce qui n'est généralement pas possible.
Tuninter — rebaptisée entre temps Sevenair — avait indemnisé les victimes avant le procès à hauteur de 22 millions de dinars.