En vol, pendant la nuit, alors que l'avion a parcouru plus des 2/3 de son trajet, le commandant de bord et le premier officier sont avertis d'un problème de pression d'huile et d'une température d'huile trop basse sur l'un des moteurs. Panne inattendue en vol (un avion peut plutôt avoir le problème inverse, une température trop élevée). Le manuel d'instruction du bord ne répertorie pas cette panne, et le centre technique d'Air Transat, contacté par radio, n'est pas non plus capable de fournir une explication.
Ce problème d'huile ne mettant pas en danger l'avion, les pilotes décident de continuer le vol normalement, pensant à un bogue informatique. Un peu plus tard, une deuxième alarme se déclenche. Elle avertit d'un problème de déséquilibre des quantités de kérosène entre les réservoirs des deux ailes.
Sans le savoir, ils sont en train de subir une fuite de kérosène. Le commandant demande au premier officier d'ouvrir la vanne de transfert entre les réservoirs pour rééquilibrer les niveaux de kérosène. Le manuel spécifie que ce transfert ne doit pas se faire si les pilotes suspectent une fuite de carburant, mais, comme le premier officier a fait un contrôle, habituel, des quantités restantes de carburant un quart d'heure auparavant et que tout était normal, les pilotes ouvrent la vanne de transfert.
Ce faisant, ils vont provoquer la perte de la majeure partie de carburant restant à cause de cette fuite, dont ils ignorent l'existence. Le problème de déséquilibre persistant, le commandant commence à suspecter un possible problème de fuite. Il va demander à la directrice de vol d'aller voir par un des hublots de l'arrière si elle voit de traînée sur le derrière de l'aile, mais, avec la nuit, cette dernière ne voit rien. Il coupe néanmoins la vanne de transfert, et le premier officier contrôle à nouveau le niveau de carburant. Il s'avère qu'il ne reste presque plus de kérosène. Rapidement, un moteur s'arrête, bientôt suivi du deuxième.
