Le terme est dérivé du mot anglais bug (insecte), venant du jargon des ingénieurs de matériel et représentant les erreurs de matériel qui survenaient. Le terme est parfois faussement attribué à Grace Hopper : une anecdote raconte qu'elle aurait découvert qu'un insecte (bug), coincé entre deux contacts du relais qui faisait fonctionner l’appareil, était la raison du mauvais fonctionnement d’un des premiers ordinateurs électromécaniques.
En 1946, Hopper a rejoint la faculté de Harvard au laboratoire où elle a continué son travail sur Harvard Mark II et Harvard Mark III. Elle a attribué une erreur dans Mark II à un papillon nocturne pris dans un relais, créant le terme bug. L’insecte fut enlevé avec soin et placé dans un journal de bord. Cette première anomalie a popularisé l’expression bug ou bogue pour représenter les erreurs dans un programme.
Malgré l’intérêt de l’anecdote ci-dessus, il est reconnu que l’utilisation du mot bug pour décrire les défauts de systèmes mécaniques date d’au moins avant les années 1870. Thomas Edison, entre autres, utilisait le mot dans ses notes. Si l'origine précise du mot est donc incertaine, le rapprochement avec les dysfonctionnements dus à la présence d'un insecte dans le système semble évident.
Le terme anglais bug vient du français « parasite ». En France, c'était le terme utilisé par les électriciens pour les problèmes de lignes utilisé sous la forme « la ligne est parasitée ». Adapté en anglais il est devenu bug puis est revenu en France sous la forme de « bogue » (de châtaigne ?) sous l’égide de la DGLF. Bug reste très largement utilisé.
En France, le terme « bogue » est recommandé par la Délégation générale à la langue française et aux langues de France (DGLF) depuis un arrêté paru au Journal officiel du 30 décembre 1983. Ce mot, qui se veut plus français, n'exprime pas une étymologie. C'est pourquoi peu de gens utilisent la version francisée. À cette époque le genre féminin était préconisé.
Cependant à la fin de la décennie 1990, les dictionnaires tels que le « Nouveau petit Robert » et « Le Petit Larousse illustré » rapportaient l’usage de ce terme au masculin, sans doute sous l’influence québécoise où l’Office québécois de la langue française (OQLF) prônait depuis longtemps l’emploi du genre masculin. Le terme français a été popularisé avec le fameux bogue de l'an 2000 qui, sans avoir entraîné de dysfonctionnement visible majeur, a néanmoins nécessité beaucoup de travaux de transformation des systèmes d'information dans la décennie 1990.
Désormais la DGLF recommande aussi le genre masculin pour ce mot.