Après l'accident, une enquête fut lancée par le NTSB, le Bureau américain de la sûreté dans les transports Le rapport conclut que l'accident avait été causé par de la fatigue exacerbée par des criques de corrosion (l'avion opérait uniquement au-dessus de la mer). La cause principale du problème fut un défaut sur un adhésif époxy assurant la liaison entre les plaques d'aluminium du fuselage quand le Boeing 737 fut construit. Là où les deux surfaces n'étaient pas correctement reliées, l'eau put rentrer dans le sillon et commença un lent processus de corrosion. Puisque des métaux corrodés ont un volume plus important que le métal sous-jacent, les deux plaques de métal furent poussées l'une contre l'autre, accentuant les contraintes sur les rivets utilisés pour les tenir ensemble. L'âge de l'appareil devint un problème important (il avait 19 ans à l'époque de l'accident et avait subi un nombre impressionnant de cycles (décollages/atterrissages) — 89 090 - bien plus que les 75 000 cycles pour lesquels l'avion avait été conçu). En conséquence, les principales compagnies aériennes américaines décidèrent de vendre leurs plus vieux appareils pour éviter une répétition de cet accident. Les avions subissent maintenant des contrôles supplémentaires lorsqu'ils vieillissent. Cependant, de nombreux autres appareils opérant dans les mêmes conditions ne présentèrent pas le même problème. Une étude approfondie d'Aloha Airlines par le NTSB révéla que les vérifications "D" plus complètes n'étaient faites qu'en plusieurs fois tôt le matin au lieu d'être exécutées en une fois. L'enquête montra aussi que l'inspection par les courants de Foucault, recommandée par Boeing, n'avait pas été faite.
D'après le rapport officiel du NTSB, un passager avait remarqué une fissure dans le fuselage de l'avion alors qu'il embarquait juste avant le vol 243 mais n'en fit part à personne. La fissure était située à côté de la porte avant gauche. Cette fissure était probablement due aux contraintes appliquées sur le métal après les 89 090 compressions et décompressions.
De plus, le Congrès américain vota une loi en 1988 qui imposait une plus grande recherche des causes probables des futurs accidents d'avion.
En 1996, le Lansing Memorial Garden fut inauguré à l'aéroport international d'Honolulu au terminal Interisland en mémoire de l'accident.