Michel Asseline estime avoir été injustement accusé. À l'appui de cette thèse, il avait affirmé que l'avion n'avait pas répondu quand il avait remis les gaz. Il affirme également que l'altimètre indiquait 100 pieds alors que les vidéos du crash montrent que l'appareil se trouve à environ 30 pieds (10 mètres) du sol. Or Airbus Industries avait signalé à Air France le mois précédent dans un bulletin officiel (Operational Engineering Bulletins) qu'il était possible de rencontrer ces 2 problèmes et ce bulletin ne semble pas avoir été communiqué aux pilotes à l'époque.
- OEB 19/1 : Déficience de l'accélération des moteurs à basse altitude. Ce bulletin note que les moteurs peuvent ne pas réagir immédiatement à la poussée des manettes des gaz à basse altitude.
- OEB 06/2 : Contrôle croisé des instruments barométriques. Ce bulletin indique que l'indicateur barométrique d'altitude de l'A320 ne fonctionne pas toujours correctement.
L'enquête a été entachée d'irrégularités, notamment :
- Les deux boîtes noires, retrouvées intactes le jour de l'accident et conservées par la Direction générale de l'Aviation civile ne furent remises à la police que dix jours plus tard, manifestement ouvertes et comportant 8 secondes de « blanc » au moment de l'impact,
- Les arbres de la forêt, entourant le lieu du crash, ont été coupés dans les jours qui ont suivi.
Les personnes contredisant l'enquête officielle estiment que le fait que l'A320 était un avion de conception nouvelle, commercialisé cette année-là et annoncé comme l'avion « le plus sûr du monde », a joué sur cette enquête. Ils n'en donnent cependant aucune preuve.
Norbert Jacquet, pilote sur Boeing 747 à Air France, crée, à l'époque, un syndicat indépendant du Syndicat national des pilotes de ligne (SNPL), pour rendre plus transparent le déroulement de l'enquête. Il mettra en cause la conception et la certification de l'A320.. Mis à pied par sa compagnie pour motifs psychiatriques, il perd définitivement sa licence de pilote et écrira en 1994 (après l'accident du Mont Saint-Odile) un livre pour dénoncer ce qu'il appelle un « mensonge d'état ».
En 1990, le ministre des transports portera plainte contre lui et Michel Asseline pour diffamation.
Malgré cet accident et la polémique qui a suivi, l'A320 fut un grand succès commercial pour Airbus.