Les applications natives pour Windows Mobile sont réalisées à partir de la suite Visual Studio auquel on ajoute un Software Developpement Kit (SDK) spécifique à la version de Windows Mobile ciblée.
Les fichiers *.CAB produits peuvent être lus avec WinCE CAB Manager d'OCP Software.
On peut aussi utiliser WinDev Mobile pour développer des applications pour Windows Mobile.
Pour ce qui est des langages de script, une version de Tcl permet de développer directement des applications fenêtrées sous Windows Mobile, et de créer des exécutables grâce à la distribution eTcl.
Il a été annoncé que les applications développées pour les versions actuelles de Windows Mobile (< Windows Mobile 7) seraient incompatibles avec le nouvel OS pour PDA de Microsoft.
Le 14/03/2010 est sorti pour les développeurs une version dite "CTP" pour développer les nouvelles applications pour Windows Mobile 7 : MS Windows Phone Developper Tools CTP. Cette version spéciale de Visual Studio 2010 Express (installable à partir d'un poste en Windows Vista SP2 (sauf Vista starter edition) ou supérieur) inclus :
- Microsoft .NET Framework 4 Client Profile
- Microsoft .NET Framework 4 Extended
- Microsoft .NET Framework 4 Multi-Targeting Pack
- Microsoft Games for Windows - LIVE Redistribuable
- Microsoft Help Viewer 1.0
- Microsoft Silverlight
- Microsoft Silverlight 4 SDK
- Microsoft Windows Phone Developer Resources .........(Les fautes d'orthographes sont d'origine)
- Microsoft Windows Phone Developer Tools CTP - ENU....(Idem)
- Microsoft XNA Framework Redistribuable 4.0
- Microsoft XNA Game Studio 4.0
- Microsoft XNA Game Studio 4.0 Phone Extensions
- Microsoft XNA Game Studio Platform Tools
- Windows Phone 7 Add-in for Visual Studio 2010 - ENU
- Windows Phone Emulator - ENU