Les analyses moléculaires les plus récentes ont confirmé non seulement la forte polyphylie des Perciformes, mais aussi la nécessité de recomposer l'ensemble des Acantomorphes, et notamment des Acanthoptérygiens. Plusieurs ordres ont ainsi disparu, des groupements nouveaux apparaissent. De nombreuses familles de Perciformes attendent encore leur placement.
Nous avons suivi ici, pour les niveaux supérieurs de la classification, la synthèse de Lecointre et al. 2010.