Elle dépend des pays et du but recherché (médicolégal ou scientifique).
L'autopsie à but médical ou scientifique est autorisée dans certains pays (Hongrie, Autriche...) sans qu'il soit nécessaire d'avoir le consentement de la famille, la plupart cependant demandent l'accord des proches.
La conservation des tissus post-mortem pose également des problèmes légaux.
En France, l'autopsie médicale effectuée dans un but thérapeutique ou scientifique, nécessite l'absence de refus du défunt, explicitement formulé, ou rapporté par sa famille (article L1232-1 alinéa 2 du Code de la Santé Publique). Si le défunt était un mineur ou un majeur protégé (c'est-à-dire placé sous tutelle ou curatelle, l'accord écrit de chacun des titulaires de l'autorité parentale ou du tuteur (dans le cas du majeur protégé) est requis (article L1232-2 du Code de la Santé publique). Dans tous les cas, « la famille doit être informée des prélèvements effectués »(article L1232-1 alinéa 3 du Code de la Santé publique), et les protocoles médicaux doivent être transmis à l'Agence de la biomédecine (article L1232-3 du Code de la Santé publique).
En ce qui concerne la restitution du corps aux proches, les obligations du médecin-légiste diffèrent selon la nature de l'autopsie :