Le compostage ne peut éliminer les métaux lourds (une partie du mercure peut s'évaporer) ni les polluants organiques ou organométalliques faiblement biodégradables (dioxines, PCB, certains pesticides, etc.). Ils persistent dans le compost si ce dernier est réalisé à partir de matières polluées ou souillées.
Les travailleurs mal protégés peuvent être exposés (inhalation, contact, via blessures...) à certains spores de champignons microscopiques (moisissures) et actinomycètes allergènes ou à des pathogènes (parasites, bactéries, virus) ou toxines (exemple : Aflatoxines, endotoxines) et allergènes libérés par ces organismes.
Les boues sont le plus souvent mises en décharge ou valorisées en agriculture par épandage ou compostage, elles peuvent aussi avant l’épandage être digérées par des bactéries anaérobies pour produire du biogaz (qui sera lui-même valorisé en électricité, chaleur, etc.) et le digestat qui sera épandu sur les terres (éventuellement après compostage). Elles peuvent aussi être incinérées, seules ou avec des ordures ménagères.
Aux USA, l'épandage de boues liquide a été pratiqué durant plus de 30 ans, mais a été suspecté d'être à l'origine de certaines pollutions ou zoonoses, voire d'avoir été à l'origine de la maladie à prion (CWD) qui touche les cervidés dans une dizaine d'états. En Europe de nombreuses expérimentations ont eu lieu sous le couvert ou avant régénération artificielle
Leur mise en décharge est interdite depuis 2002 à l’exception des boues considérées comme des déchets ultimes, les cendres issues de l’incinération y sont acceptées.