Voici quelques inconvénients liés à eHealth :
Une lettre du Conseil national de l'ordre des médecins est également disponible ici. Le 2 juin 2008, le Conseil national fait part aux responsables politiques concernés de son inquiétude au sujet du projet de loi portant des dispositions diverses, déposé le 29 mai 2008, relatif à la constitution et à l’organisation de la plate-forme eHealth.
Le site internet est en cours d'expansion mais fournit déjà des services. Ceux-ci se présentent au cas par cas et touchent des domaines de sensibilité très différents. Citons, par exemple, pour les médecins, la commande de carnets d'attestations, la vérification de la présence d'une déclaration relative à l'euthanasie d'une personne, la vérification de l'assurabilité d'un individu, l'enregistrement d'informations sur les citoyens qui ont fait un vaccin contre la grippe AH1N1, etc.
L'accès au site est essentiellement divisé en deux catégories de personnes : le groupe de des personnes soignantes (avec quelques variantes) et le groupe des citoyens. Ce dernier groupe n'a pas la possibilité de visualiser ni de contrôler ce que le premier voit sur lui.
Il s'agit aussi d'un serveur pouvant être contacté à distance via internet au moyen d'un protocole de communication pour obtenir les mêmes services que sur le site web mais indirectement sans passer par celui-ci.
Il n'est pas clair, à ce jour, si le citoyen aura le choix de désactiver les services de transmission de données et de vérification d'informations qui le concernent. Il n'y a actuellement sur le site pas de possibilité pour quelqu'un de bloquer les services qu'il ne souhaite pas être utilisés sur lui. Les textes actuels pour le futur évoquent des relations thérapeutiques de manière encore floue pour autoriser des transactions entre deux prestataires de soins, mais cela semble être des ajouts de transactions plutôt que des limites. L'acception d'internet par le patient pour transmettre des informations personnelles qui le concernent n'est jamais discuté. Ce problème semble éludé avec probablement en guise de réponse préétablie les nombreuses références au concept de sécurisation.
L'organisation de défense des consommateurs Test-Achats réalise, en février 2010, une enquête papier intitulée Comment cela se passe-t-il entre vous et votre médecin?. Un des volets du questionnaire concerne les préoccupations des citoyens au regard d'eHealth. Celui-ci contient notamment des questions pour les patients relatives à la crainte du piratage, au sentiment que tous les médecins aient accès à leur dossier médical, à la possibilité de consulter son dossier, d'y ajouter ou supprimer des pièces. Les résultats de l'enquête sont attendus.
Du point de vue technique, eHealth contient aussi des routines permettant au demandeur autorisé par la loi, à distance, de rechercher une personne sur base de critères exacts ou approximatifs, et permet de sortir l'historique d'une personne de son état civil, son domicile, sa composition familiale etc.