À la fin des années 1920, la chapelle de Saint-François de Sales du hameau de Vongy était devenue trop petite. Il fallait construire une nouvelle église qui sera dédiée à la Sainte Vierge et à l'amour des pauvres. Le modeste village d'alors est devenu un quartier de Thonon-les-Bains aujourd'hui.
La bénédiction solennelle de l'église a eu lieu le 10 juin 1935 par Monseigneur Florent du Bois de la Villerabel, évêque d'Annecy. L'année suivante le 14 juin 1936 a eu lieu la bénédiction des trois cloches et le 11 novembre 1936 les grandes orgues ont été elles aussi bénies.
En janvier 1990 un incendie a ravagé une grande partie de la charpente qui sera reconstruite à l’identique la même année sous la direction de Maurice Novarina lui-même.