Le principal avantage de la FMAO, son caractère systématique et répétitif, est aussi l'un de ses principaux inconvénients. La FMAO manque en effet souvent de mise en contexte musical, et s'appuit presque uniquement sur des activités portant sur des éléments musicaux isolés (intervalles, gammes, accords, figures rythmiques). La FMAO reste donc à ce jour un outil complémentaire à une formation musicale traditionnelle garante de l'assimilation nuancée des différentes composantes de la musique.