Jean-Claude Marin requiert un non-lieu général au bénéfice de Jacques Chirac dans le dossier des emplois fictifs de la mairie de Paris, estimant qu'il manque l'élément intentionnel. La juge Xavière Simeoni ne suit cependant pas ces réquisitions dans son ordonnance du 30 octobre 2009. La retraite de l'ancien président Jacques Chirac est menacée par cette ordonnance de renvoi devant le tribunal correctionnel. Cette affaire est venue alimenter la controverse sur l'avenir de la justice en France, au moment où la disparition programmée du juge d'instruction est perçue par certains commentateurs comme une remise en cause de l'indépendance de la justice dans les dossiers « sensibles ». Face à un parquet soumis au pouvoir exécutif, les juges d'instruction semblent vouloir, selon les termes du journal Le Monde, « marquer leur indépendance ».