L'intérêt essentiel d'OS/2 aujourd'hui (2004) est marginalisé aux besoins de sécurité et réseau. C'est un système « à part », qui n'est pas la cible des piratages de masse. Ses failles sont méconues, et ne sont pas étudiées par les pirates. Cela le fait apprécier pour des applications critiques ne demandant pas l'usage de périphériques récents, en particulier dans le domaine de la sécurité réseau (pratiquement à parité avec Novell).
« La bataille du poste de travail est loin d'être finie. Lorsque la direction générale aura compris la puissance de Linux, elle va se mettre à l'appeler OS/3 » était une boutade fréquente dans les milieux UNIX d'IBM vers 1995. Nul n'imaginait alors tout de même que Linux deviendrait moins de cinq ans plus tard le fer de lance du marketing d'IBM, qu'il gérerait en 2004 la plus puissante machine de cette époque, et qu'en 2008 il équiperait un portable grand public vendu à un million d'exemplaires, l'Eee PC.
IBM a annoncé (voir cette page en anglais) l'arrêt définitif d'OS/2, prévu pour le 23 décembre 2005. Le support a été stoppé en décembre 2006. Une ouverture (et publication) du code, demandée par plusieurs utilisateurs et notamment les fidèles d'os2world.com n'a pu porter ses fruits, notamment à cause des origines d'OS/2 : une importante partie du code avait en effet été développée par Microsoft et il aurait été extrêmement coûteux de chercher à la repérer et à l'extraire.
Pour la suite de l'histoire, voir les articles GNU/Linux, GNOME et Ext3.