Christensen (1987) reconnaît deux sous-espèces, Pinus mugo subsp. mugo et Pinus mugo subsp. uncinata, avec une forme intermédiaire, Pinus mugo nothosubsp. rotundata. Certains auteurs distinguent trois espèces différentes (Businsky, 1999) :
Pinus mugo Turra (1764) (décrit ci-dessus), absent de la Péninsule Ibérique
Pinus uncinata Ramond in Lamarck & De Candolle (1805) (pin à crochets) : Arbre de 15-25 mètres de haut, différentiable par son port et ses cônes asymétriques, brun-jaunâtre luisants à écailles recourbées en crochets.
Pinus rotundata Link (1827) (pin de tourbière) : Arbre ou arbuste de 5-20 mètres poussant uniquement sur sol tourbeux. Cette forme semble n’être pas « pure » et semble posséder des caractères résultants d’hybridations et d’introgressions passées entre Pinus uncinata et Pinus mugo, ainsi qu’avec Pinus sylvestris pour les populations d’Europe Centrale et de la partie Occidentale de l’aire.
L’espèce Pinus mugo est largement utilisée en horticulture, il existe une dizaine de cultivars. Elle est utilisée pour certains reboisements (ex : dunes) ou pour faire une transition pour d’autres essences. Le pin à crochets est exploité pour son bois surtout dans les Pyrénées, il serait plus intéressant s’il n’était pas aussi noueux.