L'humanité a décidé de mettre à mal la puissance des forces stroggs en les attaquant sur leur propre planète : Stroggos. Le jeu fait suite immédiate au deuxième volet de la série dans lequel le "big gun" (une arme anti-aérienne) et le chef strogg (le Macron) ont été éliminés. Dans la peau de l'éclaireur caporal Matthew Kane, le joueur rejoindra son unité après un atterrissage forcé sur la planète, pour détruire les hangars à chasseur stroggs ainsi qu'un canon anti-aérien et permettre aux troupes de débarquer. Après quelques péripéties, Kane se fera capturer pas "le Macron" chef des stroggs.Puis,il se verra partiellement "stroggifié" à travers une séquence sanglante, cela correspond au niveau "antenne médicale strogg". Néanmoins, cette "transformation" permettra au joueur de comprendre partiellement la langue strogg et sera capable de déchiffrer diverses consoles. Le jeu se termine par la destruction de réseau de communication strogg, le nexus et sur une possible suite : "Kane, vous avez de nouveaux ordres" (dialogue extrait du jeu).
Armes
Les armes du jeu, normalement similaires à celles de Quake 2 ou Quake 3 ont subi d'importantes modifications, les rendant parfois méconnaissables.
On dénote deux types d'arme:
- Les armes à hitscan : elles blessent l'ennemi à partir du moment où vous cliquez sur le bouton de tir. Cela veut dire que l'ennemi doit être à découvert et vous aussi.
- Les armes à prédiction : les projectiles de ces armes impliquent un déplacement dans le temps et l'espace. Quand vous cliquez sur le bouton de tir, le projectile part jusqu'à la zone ciblée. Il vous faut donc anticiper le déplacement de l'ennemi pour le toucher. Les armes à prédiction disposent également d'un splash dammage que l'on peut décrire comme une explosion du projectile, blessant indirectement la cible.
Presque toutes les armes du jeu en mode solo peuvent être améliorées (chargeur plus grand, recul diminué, ...) Toutes ces améliorations se font entre les niveaux et sont gratuites.