La version finalement publiée du RGI a été critiquée, en particulier par des acteurs du monde du logiciel libre, pour ses préconisations en matière de format de fichiers bureautiques révisables.
Le débat porte sur l'acceptabilité, en outre du standard ISO « OpenDocument », du format « Office Open XML » proposé par Microsoft. Le texte du RGI (version 1.0) précise d'ailleurs qu'« il n'existe à ce jour pas d'implémentation de cette norme ». L'absence du format de Microsoft des premières versions du RGI aurait provoqué une l'opposition de l'éditeur, et son intervention auprès des autorités.
Le décret du 2 mars 2007 place l'élaboration du RGI sous la responsabilité du Ministre chargé de la réforme de l'État.
Il crée également un comité du référentiel général d'interopérabilité, composé
Le Premier ministre approuve par arrêté le RGI.
Le RGI est appelé à évoluer et à être complété. En particulier, il doit suivre l'évolution des normes internationales. La version 2 du RGI pourra comprendre notamment des compléments dans le domaine de la sémantique, le chantier relatif aux métadonnées et à tout ce qui s'y rapporte ayant été entrouvert dans la première version. L'interopérabilité dans le domaine de la téléphonie sur protocole IP sera également abordée de façon plus détaillée.