Un génome préhistorique de la bactérie responsable de la peste nous donne des indices sur sa diffusion ancienne entre l’Europe et l’Asie. Les chercheurs ont identifié une vaste expansion survenue il y a environ 5 300 ans. Celle-ci aurait relié la Scandinavie, l’Europe centrale et le nord de la Chine sur plusieurs milliers de kilomètres.
La peste est causée par la bactérie Yersinia pestis. Son histoire ancienne reste difficile à reconstruire, car son ADN se conserve rarement dans les restes humains. Chaque nouveau génome apporte donc un repère précieux. Il permet de comparer les lignées, leurs mutations et leur proximité dans le temps.
Yersinia pestis, coloration par immunofluorescence directe (DFA), grossissement 40x.
Fournisseurs : CDC/Avec l’aimable autorisation de Larry Stauffer, Laboratoire de santé publique de l’État de l’Oregon
L’équipe a examiné 1 400 restes humains anciens provenant de l’est de l’Eurasie. Ces individus vivaient entre environ 8 000 et 400 ans avant aujourd’hui. Les chercheurs ont retrouvé trois génomes préhistoriques de Yersinia pestis, dont un provenant d’Asie de l’Est.
Ces données ont ensuite été comparées à 136 génomes anciens et modernes déjà publiés. L’arbre génétique obtenu révèle plusieurs lignées séparées presque au même moment. Cette ramification, datée d’environ 5 300 ans, relie des bactéries trouvées dans des régions très éloignées.
Les faibles écarts génétiques indiquent une séparation sur quelques siècles seulement. Les sites concernés s’étendent sur plus de 7 500 km. Les auteurs calculent une vitesse minimale médiane de dispersion de 32,9 km par an. Cette valeur correspond à une circulation rapide pour une époque sans moyens de transport modernes.
L’étude ne permet pas d’identifier précisément les personnes, animaux ou échanges responsables de cette diffusion. Elle établit toutefois que la bactérie circulait déjà sur de longues distances. Les mouvements humains, les réseaux commerciaux et les contacts avec des animaux infectés ont pu intervenir, sans pouvoir être distingués ici.
Les chercheurs ont aussi observé des transformations génétiques liées aux lignées devenues ensuite mieux adaptées aux puces. Parmi elles figure l’acquisition du gène ymt. Ces changements ne prouvent pas que toutes les souches anciennes se transmettaient déjà comme celles des pandémies historiques. Ils précisent plutôt une étape importante de leur évolution. De futures découvertes en Asie pourraient encore affiner cette chronologie.