Le XVI siècle est plus difficile. Les temps sont troubles. L’abbaye est pillée par des soldats calvinistes en 1568, et dix ans plus tard les troupes de Don Juan d'Autriche font de même... (1577) Aux environs de 1595, les moines se mettent à brasser la bière.
Le XVII siècle fut encore plus désastreux. Les guerres entraînent d’autres calamités : famine, épidémie et brigandage. Le 1 mai 1650, les troupes lorraines du baron de Châtelet pillent l’abbaye, et commettent des actes sacrilèges dans l’église. Les années suivantes, 1652 et 1653 les moines doivent souvent se réfugier dans la ville de Marche.
La tourmente passée, les travaux de reconstruction commencent (1664) et l’église est consacrée en 1671. Philippe Fabry en est l’abbé. Sa devise gravée sur un bâtiment de l’époque, avec le millésime de 1664, est devenue et restée à ce jour la devise de l’abbaye : Curvata Resurgo (« Courbée, je me relève »).